C’est au VIème siècle qu’un ermite écossais (retiré sur les pentes du mont Belin, près de Salins-les Bains), décide de construire une chapelle afin de remplacer la précédente.
Au XIIIème siècle, le comte Jean Ier de Chalon construit une église à la place de la chapelle. Cette église abritera 14 tapisseries racontant la vie de saint-Anatoile qui seront volées à la révolution. Seulement trois seront sauvées de ce vol et se trouvent aujourd’hui au musée du Louvre. En 1826, un incendie détruit le clocher et le toit de l’église et seul le clocher sera reconstruit douze ans après.
Saint Anatoile est le saint patron de la ville de Salins-le-Bains