Service du Conseil Général du Jura, la Conservation a pour mission, la sauvegarde, l'étude et la mise en valeur du patrimoine jurassien. Outil de communication et le valorisation, son métier est de transmettre et de faire comprendre ce que nous avons été hier, ce que nous sommes aujourd'hui, et ce que nous pourrions être demain.
La Conservation anime un réseau de musées. Certains, appartenant à des collectivités, sont dotés de l'agrément " Musée de France " ; d'autres sont gérés par des associations de bénévoles.  Ce réseau comprend aussi des sites naturels, paléontologiques comme les dalles à pistes de dinosaures de Coisia et Loulle. La Conservation coordonne les études en cours et la réflexion sur la mise en valeur de ces sites.
Outre des sites archéologiques de notoriété internationale (habitats lacustres de Chalain et Clairvaux, sanctuaire gallo-romain de Villards d’Héria), ce réseau comprend aussi plusieurs châteaux que des associations très actives font vivre, le plus souvent avec l’aide de chantiers de jeunes.
Enfin, les abbayes de Gigny et Baume-les-messieurs d’où les fondateurs de Cluny partirent en 909, appartiennent à la Fédération européenne des sites clunisiens. En 2009 et 2010, elles participeront activement aux commémorations du 1100^e anniversaire de l'abbaye de Cluny.